Otro de los ámbitos de actuación de la Fundación Carmen Gandarias es la ayuda a instituciones que se dedican al cuidado, atención e integración de personas discapacitadas.

En este campo, la Fundación impulsa programas a favor de personas con discapacidad tanto física como psíquica, incluyendo la enfermedad mental. A menudo las personas que padecen discapacidades psíquicas sufren también limitaciones físicas, por lo que los programas de ayuda abordan situaciones personales complejas.

Sin duda, en nuestro entorno se han producido notables avances en la atención e integración de las personas discapacitadas, pero la realidad demuestra que aún hay mucho por hacer. Uno de los aspectos más demandados por las instituciones que trabajan en este ámbito son los recursos residenciales, tanto temporales (programas de respiro) como permanentes, para los discapacitados cuyos cuidadores ya no pueden atenderlos, por fallecimiento, envejecimiento o enfermedad de los padres o familiares más cercanos. También colaboramos en la financiación de terapias especializadas a favor de personas discapacitadas, que quedan fuera de la cobertura de la sanidad o servicios sociales públicos, para personas y familias que carecen de recursos para pagarlos.

La Fundación a lo largo de su historia ha financiado programas a favor de personas discapacitadas tanto a nivel local como en países extranjeros. Estos son algunos de los programas e instituciones a los que actualmente ayudamos:

• Centro Ocupacional Rafaela María de Zorroza, Bilbao: financiación del transporte de personas discapacitadas psíquicas de sus domicilios al centro ocupacional.
• Asociación Gaude: financiación del programa residencial Casa Zuazo, para personas discapacitadas.
• Asociación AVIFES, Asociación Vizcaína de Familiares y Enfermos Psíquicos: financiación de 8 plazas residenciales para la vida autónoma de personas enfermas. Financiación de los Programas Sendagorri, Ocio Terapeútico y Etxebest. Programa de apoyo psicológico para familiares de pesonas con enfermedad mental. Programa de apoyo a mujeres con enfermedad mental en situación de vulnerabilidad. Programa Ko-nexionando, para la activación e integración social de personas con enfermedad mental sin vínculos sociales. Proyecto Bizitza para la vida independiente de personas con enfermedad mental.
• Congregación del Amor Misericordioso: proyecto de asistencia sanitaria a niños discapacitados psíquicos en Lima, Perú.
• Asociación de Ayuda  a Personas Afectadas de Parálisis Cerebral de Vizcaya, ASPACE: programa de becas para el pago de los servicios de atención temprana de niños de familias sin recursos. Proyecto de ayudas para transporte de usuarios a los centros ocupacionales.
• APNABI, Asociación de Padres de Niños Afectados por Autismo de Bizkaia: proyecto de apoyo económico a familias usuarias en situación de exclusión social o alta vulnerabilidad.
• Fundación Síndrome de Down del País Vasco: ayudas para el acceso a terapias para familias en situación de vulnerabilidad o exclusión social con personas afectadas por Síndrome de Down. 
• Fundación Argia: apoyo al programa de potenciación de las personas con enfermedad mental como agentes de cambio social. Apoyo a programas de respiro para personas con enfermedad mental y sus familias. 
• Asociación Ulertuz: apoyo psicopedagógico a niños afectados de discapacidad auditiva, pertenecientes a familias en situación de vulnerabilidad o exclusión social.
• Residencia de personas discapacitadas de las Madres Mercedarias de Orozko, Bizkaia.